U 7 dobro opremljenih operacijskih dvorana, godišnje se izvede oko 5000 operacijskih zahvata. Operacijske dvorane su podijeljene u Operacijski blok smješten na 2. katu Klinike za kirurgiju koji broji 5 operacijskih dvorana nazvanih prema utemeljiteljima kirurgije u KBC Sestre milosrdnice (Dvorana Čačković, Dvorana Wickerhauser, Dvorana Riessner, Dvorana Oberhofer, Dvorana Florschutz) te dvije operacijske dvorane smještene u prizemlju Klinike za kirurgiju namijenjenih jednodnevnoj kirurgiji, dnevnoj bolnici te zbrinjavanju hitnih kirurških pacijenata (primarna obrada rana, akutna traumatološka stanja, zbrinjavanje politraumatiziranih pacijenata).

Od 2016. godine na Klinici za kirurgiju je u radu EndoALPHA sala koja spada među najmodernije operacijske sale na svijetu te koja omogućuje posve novi standard izvođenja operacija koji objedinjava elektrokirurgiju i ultrazvučnu kirurgiju. Integrirana EndoALPHA operacijska sala omogućuje vrhunsku ergonomičnost i funkcionalnost, a predviđena je za sve vrste minimalno invazivne kirurgije, dakle za različite operacije. Svi nalazi pacijenata dostupni su u samoj sali, a operacija se može pratiti na bilo kojoj dogovorenoj lokaciji u svijetu i to u rezoluciji četiri puta većoj od HD rezolucije.

U svim operacijskim dvoranama moguće je raditi s električnim, ultrazvučnim, laserskim, perfuzijskim, RTG i elektroničkim uređajima. Od 5 operacijskih dvorana, tri su univerzalne, jedna je dvorana specijalno opremljena za traumatološke operacije, a jedna je suvremena EndoAlpha integrirana dvorana.

U sklopu Klinike za kirurgiju opremljene su i dvije vaskularne hibridne sale koje se koriste u suradnji s Kliničkim zavodom za dijagnostičku i intervencijsku radiologiju. U posljednja dva desetljeća primjećuje se pomak u liječenju vaskularnih bolesti od tradicionalno otvorenih kirurških zahvata prema perkutanoj intervenciji cijelog vaskularnog stabla. Niti klasične operativne dvorane, a niti konvencionalne angio dvorane nisu optimalne za izvođenje otvorene operacije ili za endovaskularne zahvate. Glavne značajke vaskularne hibridne operativne dvorane obuhvaćaju kvalitetnu opremu za snimanje, radijacijski štit, opremu za jednostavnu upotrebu, potrebu za dobro izučenim kadrom, ergonomičnost, mogućnost odvijanja otvorenih i perkutanih zahvata, sterilnu okolinu, kao i kvalitetu i učinkovitost bolesničke skrbi. Najznačajnija značajka rada u hibridnoj vaskularnoj operacijskoj dvorani trebala bi biti mogućnost pružanja najbolje operacije bolesniku s krvožilnom bolešću. Manje je važno tko će opremu upotrebljavati, intervencijski radiolog ili vaskularni kirurg. Uspostava jedne endovaskularne operativne dvorane ima prednost sterilne okoline, mogućnost izvođenja hibridnih zahvata, te ako je potrebno i konverzije. Također, angiografija učinjena neposredno prije operativnog zahvata pruža točnije anatomske informacije, a nakon zahvata pruža bolju kontrolu kvalitete. Posljedično, bolja kvaliteta i usluga može se ponuditi svakom pojedinačnom bolesniku. Takve promjene u liječenju bolesnika s bolešću krvnih žila zahtijevaju i novi profil vaskularnog kirurga nazvan “vaskularni hibridni kirurg” koji mora biti osposobljen u izvođenju endovaskularnih, ali i otvorenih operativnih zahvata kod iznimno složene skupine bolesnika.