Zavod za gastroenterologiju i hepatologiju čine 3 stacionarna odjela (Odjel za upalne bolest i crijeva, Odjel za hepatologiju, Centar intervencijske endoskopije) s ukupno 41 krevetom, Dnevna bolnica i Gastroenterološka poliklinika. Godišnje se na Zavodu za gastroenterologju i hepatologiju obradi oko 40.000 bolesnika, uključujući najkompleksniju gastroenterološku problematiku iz područja endoskopije, upalnih bolesti crijeva, pankreatologije i hepatologije.
Praćenjem svjetskih trendova posljednjih su godina na Zavodu uvedene brojne nove diferentne tehnike, te spada u svega nekolicinu centara u široj regiji u kojima se izvode napredne tehnike resekcije ranih karcinoma, kompleksnih adenoma i submukoznih tumora probavnog trakta (Endoskopska submukozna disekcija /ESD/, Endoskopska intramuskularna disekcija/EID/, Full-thickness resekcija /FTRD/), endoskopsko liječenje ahalazije (POEM), endoskopska drenaža i nekrozektomija peripankreatičnih kolekcija, Zenkerova divertikulotomija, kontrastni UZV abdomena (CEUS), shear wave elastrografija (SWE) i ultrazvuk crijeva. U suradnji sa interventnim radiolozima na Odjelu hepatologije se liječe bolesnici s inoperabilnim malignim tumorima jetre lokalnim ablativnim tehnikama (terapijom kemoembolizacije, termoablacijom).
Na Zavodu se osim velikog broja gornjih endoskopija (oko 7000 godišnje) i kolonoskopija (2800 godišnje) što uključuje dijagnostičke i terapijske zahvate, izvodi i pankreatobilijarna endoskopija najvećeg stupnja složenosti (550 ERCP-a i 850 EUS/EUS-FNA godišnje), endoskopija kapsulom i double-balloon enteroskopija i pH metrija. Zavod je među vodećim u rješavanju kompleksnih stenoza gastrointestinalnog trakta (postavljanje stentova za šuplje organe i dilatacije stenoza probavne cijevi) te postavljanju perkutanih endoskopskih gastrostroma (PEG) i perkutanih endoskopskih jejunostoma (PEJ) kao i rješavanju eventualnih komplikacija, od lokalnih infekcija do ”burried bumper” sindroma.
Kroz Dnevnu bolnicu obrađuju se bolesnici sa diferentnim gastroenterološkim dijagnozama, bolesnici s upalnim bolestima crijeva primaju biološku terapiju i oni s kroničnim virusnim hepatitisima terapiju direktno djelujućim antivirusnim lijekovima. Godišnje se kroz Dnevnu gastroenterološku bolnicu obradi preko tisuću bolesnika. Ukupno se unutar Zavoda godišnje napravi gotovo 10 000 specijalističkih pregleda te 7000 ultrazvuka abdomena.
Rad Zavoda podrazumijeva i 24-satno dežurstvo za intervencije u bolesnika s krvarenjem iz gastrointestinalnog sustava, ekstrakcijama stranih tijela te akutnog zbrinjavanja bolesnika s životno ugrožavajućim pankreatobilijarnim bolestima.
Odjel za hepatologiju u sklopu Zavoda za gastroenterologiju i hepatologiju već je dugi niz godina nositelj Referentnog centra Ministarstva zdravlja za oštećenje jetre ksenobioticima, gdje se zbrinjavaju bolesnici s toksičnim oštećenjem jetre lijekovima, alkoholom i virusnim hepatitisima, bolesnici s kroničnim virusnim hepatitisima i autoimunim bolestima jetre svih stadija. Usko se surađuje sa Klinikom za psihijatriju i Referentnim centrom za ovisnosti u sklopu rane dijagnoze i liječenja bolesnika s kroničnim virusnim hepatitisima.
U suradnji s Klinikom za pedijatriju aktivna je Tranzicijska ambulanta za upalne bolesti crijeva kojom se najmlađim bolesnicima s upalnim bolestima crijeva olakšava prijelaz iz pedijastrijske u odraslu ambulantu te time ostvaruje kontinuitet njihovog liječenja.
Zavod je poznat po izvrsnom edukacijskom programu, te je vodeći u organizaciji tečajeva iz područja abdominalnog ultrazvuka, upalnih bolesti crijeva, endoskopije, kliničke prehrane, pankreatologije i hepatologije kao i tečajeva trajnog medicinskog usavršavanja za liječnike obiteljske medicine.
Zavod za gastroenterologiju i hepatologiju je nastavna baza Katedre za internu medicinu Medicinskog I Stomatološkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Na Klinici se provodi specijalizantski staž iz gastroenterologije i interne medicine, pripravnički staž doktora medicine i medicinskih sestara kao i subspecijalističko gastroenterološko usavršavanje.