Operacijski blok Klinike ima četiri suvremeno opremljene operacijske dvorane u kojima se izvode i najsloženiji kirurški zahvati u području otorinolaringologije i kirurgije glave i vrata, uključujući opsežne onkokirurške i plastičnorekonstruktivne zahvate, endoskopske i mikrokirurške zahvate na lubanjskoj bazi te najsloženije zahvate na unutarnjem uhu, uključujući i kohlearnu implantaciju.